En ese mismo año el equipo quedó clasificado para disputar la Copa Sudamericana 2005 contra el Atlético Nacional. Ya en 2007 lograrían clasificar a la Copa Sudamericana 2008 pero fueron eliminados por su rival de patio, América de Cali. El 20 de mayo el Deportivo Cali empezaría la llave de cuartos de final como visitante contra Nacional en el Atanasio Girardot.